NCBI数据库使用方法快速入门!

NCBI是最大的基因数据库,收录了多种生物的核苷酸序列,并标有编码区特征注释和氨基酸翻译。今天小编就为大家介绍如何通过NCBI搜索物种的蛋白质组信息~(NCBI官网:www.ncbi.nlm.nih.gov)

蛋白质组数据库下载

1、在首页选择“Taxonomy数据库”(共收录有将近300,000种物种信息,分类数据库以每月增加2200个新分类单位的速度在增长),输入物种的拉丁文名称点击“Search”

NCBI数据库使用方法快速入门!

2、在Taxonomy界面,会显示该物种的Nucleotide和Protein,选择“Protein”

NCBI数据库使用方法快速入门!

3、在Protein界面,点击“RefSeq”(该数据库包括具有生物意义上的非冗余基因、转录本和蛋白序列,使用人类基因命名委员会定义的术语,并且包括了官方的基因符号和可选的符号):

NCBI数据库使用方法快速入门!

4、然后点击“Send to”,下载该物种的蛋白序列数据库,文件格式通常是FASTA格式,得到的“sequence.fasta”文件,可以通过记事本或Excel打开:

NCBI数据库使用方法快速入门!

蛋白信息查询

5、将该文件导入搜库软件,可对蛋白进行定性分析,继而得到差异蛋白。在NCBI首页选择“Protein”,并输入差异蛋白的Accession Number,点击“Search”

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6、在Protein界面,就会显示该蛋白的信息(如氨基酸个数、蛋白名称、蛋白序列和CDS序列等):

NCBI数据库使用方法快速入门!

一般情况下,如果蛋白质组所研究的物种已经被测序,推荐使用Uniprot数据库作为搜库的数据库,如果所研究的物种在Uniprot数据库中蛋白数据较少,推荐使用NCBI数据进行搜库。

好了,今天的介绍就到这里,感兴趣的小伙伴们收藏起来吧~希望对大家有所帮助!

普略医学普略医学(百替生物)成立于2011年,是国内首家专注于和临床医生合作进行转化医学研究的综合性技术服务公司。应用科研5.0理念,建设和参建100多个国家级实验室,整合形成八大转化医学研究平台;普略医学通过AAA级信用企业认证、ISO9001质量管理体系认证和ISO27001信息安全管理体系认证,项目管理严格遵循医学研究规范和伦理。近十年的快速发展,普略医学已成为转化医学研究领域的知名企业,将始终秉承“引领医学科研,提升国人健康”、“让医学研究更轻松”的愿景和使命,为医生和病患创造转化医学价值。


简介:主人有点忙,还没来得及写简介~
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