NCBI教程|各种Blast类型介绍及使用

天气变冷了,我们的技术咖热情不变,给大家分享NCBI教程来了。今天全面介绍NCBI上各种Blast类型,以及如何使用在线Blast。

什么是Blast?

Blast全称Basic Local Alignment Search Tool,是一个基于序列相似性的数据库搜索程序。

Blast的目的:

通过两两比对,找到数据库中与输入序列最相似的序列片段。

这里要讲解一下相似性与同源性的相关知识:

相似性:

一种很直接的数量关系,比如部分相同或者相似的百分比或其他一些合适的度量。比如A序列和B序列的相似性是80%。这是量化的关系、当然可进行自身局部比较。

同源性:

从一些数据中推断出两个基因或者蛋白序列具有共同祖先的结论,属于质的判断。就是A与B的关系上,只有同源关系或者非同源关系。A与B的同源性为80%是不科学的。

一般来说,序列间的相似度越高,它们是同源序列的可能性就越高

Blast的优势:效率高!

为何?请看下图解释:

NCBI教程|各种Blast类型介绍及使用

Blast的5类型及介绍:

01

BLASTP

是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

02

BLASTX

是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

03

BLASTN

是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

04

TBLASTN

是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

05

TBLASTX

是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI教程|各种Blast类型介绍及使用

————–NCBI blast步骤————-

NCBI中Blast的地址:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

01

选择合适的blast方式和数据库

NCBI教程|各种Blast类型介绍及使用

02

输入序列并设置参数

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03比对结果展示

整体效果展示:

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详细信息区域展示:

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描述区域展示:

NCBI教程|各种Blast类型介绍及使用

这么齐全的NCBI Blast资料上哪找呀,快收藏起来~ 另外,近年最强寒潮威力有点大,小伙伴们要注意保暖啊……


简介:主人有点忙,还没来得及写简介~
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